W 1576 r. w Trokach, obok sanktuarium karaimskiego, wybudowano pierwszą szkołę gminy karaimskiej, nauczającą religii. Nauczano w niej też języka ojczystego, należącego do języków tureckich. Język karaimski powstał w IX-X wieku. Oparty na językach plemion tureckich w Kaganacie Chazarów (Chazarów, Kipczaków-Kumanów, Połowców). W wyniku przyjęcia wyznania karaimskiego, plemiona te utworzyły naród karaimski. Po pożarze w 1879 r. szkołę odbudowano. Uczęszczało do niej 27 chłopców i pracowało w niej 2 nauczycieli, jeden z nich wykładał religię. Skarbiec na utrzymanie szkoły przeznaczył 400 rubli, taką sumę przeznaczono społeczności karaimskiej. Szkoła działała przez cztery wieki, lecz w wyniku kataklizmów historii XX w. doznała różnych bolesnych ciosów i ostatecznie została zamknięta w 1940 r.
Od tego czasu do dzisiaj stopniowo zanikało używanie języka karaimskiego i zmniejszała się liczba osób, porozumiewających się po karaimsku. W czasach sowieckich starano się temu zapobiec, nielegalnie nauczając dzieci. Szczególnie wyróżnił się starszy duchowny, przewodniczący wspólnoty religijnej Karaimów Michał Firkowicz (1924-2000). Wówczas on przygotował i wydał też pierwszy podręcznik języka karaimskiego.
Język karaimski cieszył się dużym zainteresowaniem naukowców turkologów ze względu na jego fonetykę, gramatykę, leksykę. Litwa obecnie jest jedyne miejsce na świecie, gdzie jest używany język karaimski, niestety, dzisiaj językiem karaimskim posługuje się głównie starsze pokolenie. Według danych 2018 roku, 30 osób nadal mówi po karaimsku. Język jest wpisany do Światowego Atlasu Zagrożonych Języków UNESCO.
9 października 2008 r. w Trokach duchowny karaimski chazan poświęcił odbudowany budynek, w którym została rozlokowana szkoła karaimska i ośrodek religijny. Budynek szkoły jest ciekawym rozwiązaniem architektonicznym: biały niby łabędź dom z trzema poziomami dachów, lekko opadającymi od strony ulicy w kierunku jeziora Totoriszkes. Każda część domu ma osobne wejście. Budynek otoczony jest płotem z desek. Ten piękny budynek – to wizytówka wszystkich innych karaimskich domów z trzema oknami do ulicy. Po wejściu do wnętrza szczególną uwagę przykuwa wystrój wnętrza XVIII-wiecznej sali: ściany wykonane z drewnianych bali, sufity z belkami, stare latarnie, używane na wsiach, imitują lampy naftowe – atmosfera starożytna.
Ważne, że starania Karaimów o zachowanie ich języka przyniosły owoce, gdyż używanie go nie tylko w warunkach domowych, ale także w liturgii sprawiło, że język ten zachował swoje bogactwo, odrębność i generalnie przetrwał do dzisiaj. Ponadto co roku w Trokach odbywa się międzynarodowy obóz języka karaimskiego, który gromadzi Karaimów lub ich potomków z całego świata. Celem jest zachowanie kultury i języka karaimskiego, rozszerzenie jego egzystencji we współczesnych warunkach.
