Paluknys – senas gatvinis kaimas, įsikūręs Luknos upelio, nuo kurio pavadinimo, kaip manoma, ir kilo vietovės vardas, pakrantėje.
1794 m. čia buvo paspatyta koplyčia. Paluknio palivarko savininkas, Vilniaus universiteto profesorius Jonas Volfgangas 1829 m. pastatė naują medinę koplyčią. Valdžiai leidus, Mykolas Sadovskis 1904 m. dovanojo Vilniaus vyskupijai šeimyninę Paluknio koplyčią, kitus pastatus ir 2 dešimtines žemės. 1905 m. čia buvo perkelta laikinoji bažnyčia iš Senųjų Trakų. Koplyčia 1906 m. suremontuota ir padidinta.
1921 m. buvo įkurta parapija, o Palūknio koplyčia tapo bažnyčia. 1926 m. bažnyčiai pristatyti bokštai. 1941 m. rugpjūčio 25 d. bažnyčia sudegė. Per gaisrą žuvo nuo 1915 m. klebonavęs Kazimieras Packevičius (1884–1941). 1943 m. pastatyta laikina bažnyčia. 1981 m. ji buvo rekonstruota: pailginta, paplatinta, pastatytas bokštas. Bažnyčia stačiakampio plano, bazilikinė, vienabokštė, su prieangiu, bokšteliu. Vidus 3 navų, atskirtų stulpais, yra 3 altoriai.
Šv. Jono krikštytojo bažnyčia, kuri yra pailgo stačiakampio plano, trijų navų, stovi vidury Palūknio, greta apleistų Volfgangų kapinių. Šventoriuje yra valstybės saugojamų dailės paminklų: du XVIII a. arnotai ir medinė skulptūra „Rūpintojėlis”. Rūpintojėlis datuojamas XVII a. II p. ir vadinamas seniausia šio ikonografinio tipo skulptūra Lietuvoje. Kūrinio autoriaus profesionalumas leidžia manyti, kad Susimąsčiusio Kristaus figūra galėjo būti išdrožta meistro, susijusio su Vilniaus bernardinų vienuolyno aplinka. Vilniaus bernardinams priklausė koplyčia Paluknio miestelyje, veikiausiai iš jos skulptūra pateko į dabartinę bažnyčią.
