Rūdiškių kaimas minimas nuo 1774 metų, o nuo 1864 metų, nutiesus Varšuvos–Peterburgo geležinkelį, pradėjo sparčiai augti. Senovėje tai buvo itin vandeninga vieta. Manoma, kad gyvenvietės apylinkėse buvo lydoma balų rūda, todėl ji ir pavadinta Rūdiškėmis.
1908 m. valdžia leido Rūdiškėse statyti Švč. Jezaus Širdies bažnyčią, Trakų parapijos filiją. XX a. I p. Švč. Jėzaus Širdis tapo populiariausiu siužetu Lietuvos bažnytinėje dailėje. Pamaldumą įkvėpė šv. Margaritos Marijos Alacoque vizijos: 1674 m. vienuolei buvo apreikšta liepsnojanti sužeista Kristaus širdis su kryžiumi viršuje, apjuosta erškėčių vainiku, simbolizuojančiu žmonių nuodėmių sukeltas kančias. Pagal šventosios nupieštą atvaizdą sukurti Jėzaus paveikslai ir pamaldumas Švč. Širdžiai ypač išplito po Margaritos Marijos Alacoque beatifikacijos XIX a. ir kanonizacijos 1920 metais.
1909 m. į Rūdiškes paskirtas kunigas A. Žemaitis gyvenamajame name įrengė altorių ir pradėjo laikyti pamaldas. 1910 m. įkurta parapija, kuri per šimtmetį labai išaugo. Pirmieji parapijos įrašai rodo, kad joje buvo keturi šimtai parapijiečių, o dabar skaičiuoja keturis tūkstančius.
Kunigas J. Jurkevičius su parapijiečiais 1925–1932 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. 1980 m. ji buvo remontuota. Bažnyčia istoristinė, turi neoromaninių ir neogotikinių bruožų, lotyniško kryžiaus plano, vienabokštė, su bokšteliu. Vidus 3 navų. Šventorius apmūrytas.
